El Museo de Ciencias Antropológicas y Naturales alberga entre sus colecciones importantísimas piezas arqueológicas, etnográficas y paleontológicas de Santiago del Estero. Destacan especialmente los objetos que pertenecieron a los grupos humanos que durante miles de años habitaron la región chaco-santiagueña.

La institución nace en 1917 por una donación de 3.000 piezas arqueológicas y etnográficas de la colección personal del Dr. Alejandro Gancedo. Por ese entonces se lo llamó Museo Arcaico. Con la llegada a Santiago del Estero de los hermanos franceses Emilio y Duncan Wagner se desarrollan numerosas campañas arqueológicas y expediciones naturalistas al interior de la provincia. Así, entre las décadas del ‘20 al ‘40 el museo acrecienta su acervo haciéndolo cada vez más representativo y valioso. En justo homenaje, el Museo lleva su nombre.

De aquel coleccionismo que acopió centenares de piezas y objetos, hoy presentamos un enorme y reordenado conjunto que nos permite ilustrar un pasado, y que nos presenta y representa a Santiago del Estero como suma de culturas que llegan desde antes de su noble carácter de "Madre de Ciudades", y que se han integrado en una coherente trayectoria histórica y social.

Con un acervo de más de 12.000 piezas, las salas del Museo exhiben un gran patrimonio arqueológico y paleontológico que comprende, principalmente, materiales pertenecientes a las culturas de los pueblos originarios de la llanura de Santiago del Estero y que nos muestran su modo de vida, su arte, sus objetos de la vida cotidiana y su concepción del mundo.

La recopilación etnográfica de objetos pertenecientes a los Tonocotés, Lules, Abipones, Diaguitas y Sanavirones, entre otros pueblos originarios de la región santiagueña, da a conocer al visitantes elementos de la vida indígena, sus tecnologías en materia de alfarería: urnas funerarias, vasos, platos ceremoniales y de uso doméstico: puntas de flecha en hueso y piedra, arte rupestre, textiles en fibras vegetales, metalurgia, así como restos óseos que presentan modificaciones corporales como evidencia de prácticas sociales y espirituales.